Structual equation modelを略してSEM（セム）とも呼ぶ。因果構造分析の最も一般的な方法である。その特殊な場合として、パス解析、確認的因子分析、分散分析、重回帰分析などを含む。調査可能な変数に限らず、潜在的な因子も含めてモデルを仮定し、仮説にそった分散共分散行列を求める。そして調査データから得られる分散共分散行列との当てはまりを測る。もし当てはまりが悪ければ、モデルを修正し、最終的には理論的にも妥当で現象とのフィットのよい因果モデルを構成していこうとする。